Agkilsa es una aldea que existía en el distrito de Sharur-Daraleyaz de la antigua gobernación de Iravan, más tarde en el territorio del antiguo distrito de Keshishkend (Yeghegnadzor), ahora provincia de Vayots Dzor. Estaba situada a 14 km al oeste de Yeghegnadzor, a orillas del río Heshin, afluente izquierdo del río Yelpin.

En el pueblo vivían 65 azerbaiyanos en 1873, 89 en 1886, 102 en 1897, 110 en 1904, 121 en 1914 y 155 en 1916. En 1918, la población del pueblo fue atacada por grupos armados armenios y desplazada por masacres. Sólo después del establecimiento del poder soviético en la actual Armenia, los aldeanos supervivientes regresaron a sus hogares ancestrales y, en 1922, 8 azerbaiyanos vivían aquí. En 1923–1925 fueron expulsados del pueblo y el pueblo fue abolido. Ahora es un pueblo en ruinas.

El topónimo se deriva de la palabra “ag”, que significa color en el idioma azerbaiyano, y de la palabra “kilsa”, que significa templo religioso. El nombre del pueblo proviene del nombre de la iglesia de los albaneses de la zona. Significa “pueblo cerca de la iglesia blanca”.