Muhammed Agaoglu nació en 1896 en Iravan. En 1916 se graduó de la Universidad Estatal de Moscú, en 1926 de la Facultad de estudios orientales de la Universidad de Viena. Sabía azerí, árabe, persa, ruso, inglés, alemán, francés, griego.

Después de graduarse de la Universidad Estatal de Moscú, Muhammed Agaoglu viajó a Türkiye, Irán, Siria y Asia Central para estudiar la cultura Oriental y el arte islámico. En 1918–1920 participó activamente en la creación de la República Democrática de Azerbaiyán. En Bakú creó el Museo “Istiqbal”, participó en la organización de la Sociedad de arqueología y etnografía. Después de la caída de la República Democrática de Azerbaiyán, se mudó a Türkiye, Austria, en 1929, a los Estados Unidos, donde vivió el resto de su vida. Ese mismo año, fundó el Departamento de cultura islámica en la Universidad de Detroit y luego la galería de arte islámico.

En 1933–1938, M. Agaoglu fue profesor en el Departamento de cultura de los pueblos de Oriente en esta Universidad, fundó en 1934 la revista “Arte Islamico” y fue su editor hasta el final de su vida. M. Agaoglu es autor de más de 50 artículos científicos, así como de monografías “Historia del arte Islámico” (Estambul, 1928), “La imprenta en Irán en el siglo XV” (Michigan, 1935), “Manufacturas y alfombras de la era Safávida” (Nueva York, 1941).

Muhammed Agaoglu murió en 1949 en Colombia. Estados Unidos, donde fue enterrado.