Qafan rayonu 1930-cu il sentyabrın 9-da yaradılmışdır. Sahəsi 1345 km² olan rayonun mərkəzi respublika tabeli Qafan şəhəri olmuşdur. Buradan İrəvan şəhərinə olan məsafə 320 km-dir. Rayon ərazisi üç tərəfdən Bərgüşad, Zəngəzur və Mehri (Meğri) dağ silsilələri ilə əhatələnmişdir. Oxçuçay çayı rayon boyu axıb keçir.

Rayonun ərazisi tarixi İrəvan xanlığının Zəngəzur mahalına, Çar Rusiyası dövründə isə Yelizavetpol (Gəncə) quberniyasının Zəngəzur qəzasına daxil olmuşdur.

Azərbaycanda Qaf dağının olması və bu dağın içərisində odlu Simurq quşunun yaşaması haqqında əfsanə və əsatirlər var. Qafqazın adının da buradan götürüldüyü güman edilir. “Qafan” sözü də “Qafın yerləşdiyi ərazi” anlamını verir. Qafan rayonu ərazisindəki Qaf dağı əslində hündürlüyü 3904 m olan Qapıcıq dağıdır.

1987-ci ildən rayonun əzəli azərbaycanlı sakinləri yaşadıqları yerləri tərk etməyə məcbur edilmişlər. 1995-ci ildə isə rayon ləğv edilərək Ermənistanın Sünik vilayətinin inzibati ərazisinə daxil edilmişdir.