Район Гафан был образован 9 сентября 1930-го года. Центром района площадью 1345 км2 стал город республиканского подчинения Гафан. Отсюда расстояние до города Иреван составляет 320 км. Территория района с трех сторон окружена горными хребтами Бергишад, Зангезур и Мехри (Мегри). Река Охчучай протекает по территории района.
Территория района исторически входила в Зангезурский махал Иреванского ханства, а во времена царской России – в Зангезурский уезд Елизаветпольской (Гянджинской) губернии.
Существуют легенды и предания о существовании в Азербайджане горы Гаф и о том, что внутри этой горы обитает огненная птица Симург. Считается, что отсюда и пошло название Кавказа. Слово «qafan» также означает «область, где находится Гафан». Гора Гаф на территории Гафанского района на самом деле является горой Гапыджик высотой 3904 м.
С 1987-го года коренные азербайджанцы района были вынуждены покинуть свои места проживания. В 1995-ом году район был упразднен и включен в административную территорию Сюникской области Армении.