Район Гаракилсе был образован 9 сентября 1930-го года. Центром района площадью 1719 км2 был город Гаракилсе. Отсюда расстояние до города Иреван составляет 217 км.
По своему географическому положению район Гаракилсе с четырех сторон окружен Зангезурским и Бергюшадским хребтами. Река Базарчай протекает по территории района.
Территория района исторически входила в Зангезурский махал Иреванского ханства, а во времена царской России – в Зангезурский уезд Елизаветпольской (Гянджинской) губернии.
Указом Президиума Верховного Совета Армянской ССР от 2 марта 1940-го года район был переименован в «Сисиан».
С 1987-го года коренные азербайджанцы района были вынуждены покинуть свои места проживания. В 1995-ом году район был упразднен и включен в административную территорию Сюникской области Армении.
