Район Агин был образован 31 декабря 1937-го года. Административным центром района, площадью 429 км², являлся поселок городского типа Молла Гейче. Расстояние от районного центра до города Иреван составляет 100 км.

Территория района исторически входила в Шорейельский махал Иреванского ханства, а во времена царской России – в Александропольский уезд.

Топоним образовался от сочетания слова «ağ», которое в древнетюркском языке употреблялось в значении «высший, высокий, большой», и слова «in», которое в древнетюркском языке употреблялось в значении «изба, хижина, пещера». Это топоним со сложной структурой, возникший на основе рельефа.

Указом Президиума Верховного Совета Армянской ССР от 12 октября 1961-го года название района было изменено на «Ани».

С 1987-го года коренные азербайджанцы района были вынуждены покинуть свои места проживания. В 1995-ом году район был упразднен и включен в административную территорию Ширакской области Армении.